1. 오프닝
먼 미래에 지구는 외계인의 침공으로 전쟁이 시작됩니다. 이 과정에서 달은 외계인에 의해 파괴되고, 인간은 핵을 이용하여 전쟁에서 승리합니다. 그러나 인간은 핵을 이용했기 때문에 전쟁에서 승리는 하였지만 지구는 방사능으로 오염되고 황폐된 모습입니다. 그러면서 하늘에 떠있는 기지가 보이면서 영화가 시작됩니다.
2. 아내와의 만남
영화에 등장하는 주인공 잭 과 빅토리아는 자신들의 기억이 지워진 채 하늘 높이 떠 있는 둘만의 기지에서 근무합니다. 이 둘은 지구 정찰을 위해 이곳에 파견 되었지만 인류는 방사능으로 오염된 지구를 떠나 토성의 타이탄으로 모두 옮겼습니다. 그리고 우주 정거장에는 본부 테드가 있는데 그곳에서 샐이 이들에게 명령을 내립니다.
잭은 바닷물을 에너지로 바꾸는 과정을 관리도 하지만 정찰 드론을 유지 보수하는 임무도 있습니다. 빅토리아는 테트와 잭 사이의 통신을 담당하는 임무를 갖고 있습니다. 이들은 자신들의 임무 수행 중 테트로 복귀 2주를 앞두고 잭이 정체가 불분명한 우주선을 발견하는데 우주선 이름은 "오디세이호"입니다.
잭이 우주선 내부를 확인합니다. 우주선 안에는 동면에 들어가 있는 사람들이 여러 명 있었는데 갑자기 정찰 드론이 잭의 명령에도 불구하고 사람들을 향해 공격을 합니다. 잭은 그중 여성 한 명을 간신히 구조하는데. 그녀의 이름은 "줄리아"입니다. 그녀는 동면상태에서 깨어나는 순간 잭을 아는체 합니다.
잭은 그녀를 도우면서 추락한 우선선에 대해 조사를 하는데 갑자기 알 수 없는 적에게 포위를 당합니다. 잭은 그들이 당연히 외계인들이라 생각했는데 알고 보니 외계인을 물리치는 지구인 저항 집단 이었습니다. 잭은 당연히 지구인들은 없을 거라 생각했는데 갑자기 혼란스러워 합니다.
3. 저항단체
이 단체의 우두머리인 "말콤"은 잭과 줄리아에게 방사능으로 오염된 지역으로 가서 그곳의 진실을 확인해보라고 합니다. 그리면서 그들을 풀어줍니다. 그곳은 영화 시작 부분에 잭이 머릿속에서 잔상으로 봤던 바로 그곳입니다. 그곳에 도착 후 줄리아가 "오디세이호"에 대해 진실을 말해 줍니다.
"오디세이호"는 테트를 조사하기 위한 탐사선이었다고, 그러나 정보가 흘러 나갔는지 테트가 대원들을 모두 동면에 들게 하고 잭과 비카를 먼저 동면에서 깨어나게 한 뒤 이들을 역이용했다는 것입니다. 그러고 보면 사실 외계인과의 전쟁에서 인간의 승리가 아니라 외계인의 승리였던 것입니다.
테트는 잭과 비카를 역 상황으로 이용한 것입니다. 실제로는 "오디세이호"는 엄청난 폭발력을 가지고 있는 원자로인데 나사가 만들었다고 합니다. 한편 저항 단체의 우두머리인 말콤은 고장 난 드론을 한대 확보하고 있었는데, 고장 난 드론을 이용해 테트를 파괴하려는 계획을 갖고 있습니다.
4. 기억을 되찾다
테트를 파괴하려는 계획을 성사시키려면 정찰 드론을 움직여야 되는데 기억이 사라져 아무것도 모른 상태에서 적을 위해 일하고 있던 잭의 인증이 필요합니다. 그래서 말콤은 잭을 선택한 것입니다. 사실 줄리아는 잭의 아내였습니다. 삭제된 기억 때문에 줄리아를 알아볼 수 없었지만, 잭은 조금씩 기억을 되찾아가고 있습니다.
그리고 진짜 자신의 아내가 누구인지도 알게 됩니다. 그리고 줄리아와 잭, 두 사람을 하늘에 떠있는 기지로 되돌아와 아내인 줄 알았던 비카에게 진실을 말하고 이곳을 떠나야 된다고 말하지만 눈치챈 테트는 드론을 이용해 비카를 살해합니다. 그러나 두 사람은 간신히 그곳을 빠져나옵니다.
정찰 드론에게 추격을 당하다 간신히 비상착륙을 하는데 그곳에서 잭과 똑같은 자신을 만나게 됩니다. 그것은 잭의 복제 인간입니다. 사실 테트에서 교신을 항상 해온 샐리는 인간이 아니라 거대한 인공지능의 기계 였습니다. 잭과 복제인간 잭은 서로 싸움을 하게 되는데 결국 복제인간이 지게 됩니다.
5. 소멸
모든 사실을 알게 된 잭은 말콤과 함께 하기로 합니다. 잭과 말콤은 우주선을 타고 잭과 줄리아로 가장한 채 테트 본부에 진입하는 데 성공합니다. 그들은 그곳에서 드디어 샐리와 마주치게 되는데 핵폭탄을 터뜨려 인류를 위해 적과 함께 목숨을 바칩니다.
적들이 소멸된 지 3년이 지난 지금 살아남은 줄리아와 그의 딸에게 그동안 복제되었던 또 다른 잭과 만나는 장면으로 이영화는 끝이 납니다.
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